La quimotripsina escinde preferentemente enlaces peptídicos amida en los que el lado carboxilo del enlace amida es un aminoácido aromático. Así que, en esencia, el enlace peptídico al lado (en el lado C) F, W e Y. Así que obtendríamos
AGTRCW
PMKGLY
coste y flete
AEPGILKY
CRQALTW
ERAGLAFANG
La tripsina escinde las cadenas peptídicas principalmente en el lado carboxilo de los aminoácidos lisina (K) o arginina (R), excepto cuando a cualquiera le sigue la prolina (P).
AGTRCW irrumpe en AGTR y CW
PMKGLY irrumpe en PMK y GLY
CAF permanece como tal
AEPGILKY irrumpiría en AEPGILK e Y
CRQALTW entraría en CR y QALTW
Y ERAGLAFANG en ER y AGLAFANG
Y de ahí 10 fragmentos. Asumiendo que la digestión fue completa y que ninguna de las dos enzimas se escindió en otra posición, la quimotripsina también corta después de His, Met o Leu, pero ve lentamente)
