Para energéticos detallados en un pequeño conjunto de moléculas, la calorimetría isotérmica (da Kd, estequiometría, dH, dS).
Para seleccionar un gran conjunto de moléculas, interferometría bioloayer (tecnología ForteBio :: BLI) (proporciona tasas aproximadas de encendido / apagado)
También se puede usar NMR usando la señal de ligando (la RMN de transferencia de saturación proporciona una restricción distante desde la molécula pequeña a la proteína, Kd puede calcularse a partir de cambios en el desplazamiento químico tras la titulación de la molécula pequeña). La RMN multidimensional puede identificar los sitios de unión en la proteína si se conocen las asignaciones para la proteína.
Existen otras técnicas que pueden ser útiles en situaciones específicas (polarización fluorescente si la molécula pequeña es fluorescente, cromatografía de afinidad usando la molécula unida al material de la columna, espectrometría de masas para identificar moléculas unidas covalentemente, dicroísmo circular inducido …) pero estos son los principales unos.
Además de la cristalografía de rayos X, ¿cuáles son algunas formas de detectar la unión entre una molécula pequeña y una proteína, y formas de medir la afinidad de unión?
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¿Existen buenos cursos en línea para un estudiante de posgrado en biología / bioquímica / biofísica?
¿Qué es el intercambio de dominios 3D en proteínas oligoméricas?
Me gustaría agregar un poco más a la respuesta integral de Jeffrey Brender.
De forma similar a la técnica de ensayos de cambio térmico que utiliza proteínas purificadas, mi laboratorio ha desarrollado el Ensayo térmico de desplazamiento horizontal (CETSA), en el que se puede evaluar la interacción entre las proteínas y las moléculas pequeñas en las células. Puede encontrar el enlace al documento aquí. También hay un ensayo de agregación térmica (comúnmente conocido por su nombre de dispositivo StarGazer) que también se usa para detectar la interacción proteína-molécula pequeña. Ensayos como estos se pueden usar como ensayos piloto para encontrar buenas pistas.
Al igual que BLItz (mencionado por Jeffrey Brender), Surface Plasma Resonance (SPR) también se usa para determinar la afinidad. Los principios para ambos son los mismos, con SPR siendo más caro, pero si no estoy equivocado, entonces SPR es más sensible de los dos.
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