Depende del caso No estoy seguro de haber entendido correctamente la pregunta, pero supongo que está tratando con un archivo PDB (¿cuál podría indicar el código en su pregunta?) Con un montón de átomos faltantes. Esto pasa. Como estoy principalmente en el lado computacional de la biología estructural, mi respuesta será sobre métodos computacionales.
Por lo general, en la cristalografía de proteínas, los bucles flexibles están mal resueltos en la densidad electrónica y, por lo tanto, están ausentes de la estructura final. Para bucles suficientemente cortos (digamos, ~ 10 residuos, depende del caso), a menudo es suficiente utilizar programas de modelado estructural (como MODELLER @https: //salilab.org/modeller/) para “adivinar” las posiciones del átomos faltantes Dada la naturaleza de los residuos que faltan (esto es conocido, porque conoce la secuencia de la proteína) el programa calcula posiciones atómicas que son físicamente plausibles y / o razonablemente similares a la conformación de bucles con secuencia similar disponible en el AP.
Esto debe considerarse con cuidado, porque la razón por la que los átomos no se vieron claramente en la densidad en primer lugar es que son demasiado flexibles. Por lo tanto, probablemente no sea significativo considerar una sola conformación cuando se sabe que esta área de la proteína es bastante dinámica. Sin embargo, puede ser un buen punto de partida para lanzar una simulación de dinámica molecular, por ejemplo.
El caso de los átomos de hidrógeno es diferente. En la mayoría de los casos, la resolución del mapa de densidad electrónica cristalográfica no es lo suficientemente alta como para ver los hidrógenos. Si es necesario, pueden posicionarse automáticamente modelando softwares, usando valores tabulados para las longitudes y ángulos de enlace (y esto generalmente va seguido de un paso de minimización de energía para relajar su geometría).
Si solo faltan algunos átomos, entonces creo que es excesivo utilizar otro enfoque experimental (“húmedo”) para resolverlos, a menos que sea un caso específico y, por alguna razón, deba hacerlo. Si ese fuera el caso, la RMN podría ser una solución porque es mejor para manejar estructuras más dinámicas.
Espero que mi respuesta sea útil. Si no, siéntase libre de pedir aclaraciones.
