En un nivel químico, ¿por qué las grasas trans actúan de manera similar a las grasas saturadas?

Tienes la idea básica correcta. Los dobles enlaces Cis (el tipo presente de forma natural en las grasas insaturadas) introducen un estrechamiento en la cadena de hidrocarburo del ácido graso e impiden que se unan correctamente (y, por lo tanto, no formen un sólido ordenado). Los dobles enlaces trans se aproximan más a la geometría de un ácido graso saturado e interfieren mucho menos con el empaquetado de las cadenas de hidrocarburos. Por lo tanto, los dobles enlaces cis reducen en gran medida el punto de fusión de las grasas, mientras que los enlaces dobles trans tienen poco efecto.