La quimioterapia plantea riesgos a la salud tanto a corto como a largo plazo que deben sopesarse cuidadosamente en relación con los beneficios. Además, no todos los medicamentos quimioterapéuticos son parecidos, y existen diferencias en la sensibilidad de los distintos tipos de células a las diferentes sustancias, por lo que no todos los pacientes sometidos a quimioterapia corren el riesgo de los peligros que menciono a continuación.
En el corto plazo, los riesgos de salud inmediatos se relacionan principalmente con el mecanismo general de hacer que las células dejen de dividirse. Los medicamentos que son tóxicos para la médula ósea (que está llena de células que se dividen rápidamente) pueden causar el agotamiento completo de tipos importantes de células inmunes, dejando al organismo sin su línea principal de defensa contra las infecciones bacterianas y fúngicas. Algunas otras drogas tienen una toxicidad específica contra los precursores de plaquetas, que en casos extremos pueden conducir a hemorragias graves. Además, la mayoría de los pacientes desarrollan algún grado de anemia durante el tratamiento, pero por lo general no a un grado peligroso.
El canal gastrointestinal también es muy sensible, ya que está lleno de células que tienen un alto índice de rotación, y la quimioterapia casi siempre causa cierto grado de alteración. La mayoría de la gente piensa en náuseas y vómitos, pero eso es casi completamente manejable con los medicamentos antieméticos que tenemos hoy en día. Sin embargo, el estreñimiento y la diarrea (a menudo uno después del otro, por desgracia) es un problema real y ambos pueden causar la muerte directamente (a pesar de que es raro en oncología). Hablando del canal gastrointestinal, la quimioterapia de dosis alta a menudo también afecta la cavidad oral, y en casos graves, la boca puede ser como una herida abierta. Esto causa dolor severo y desnutrición.
Algunas drogas tienen efectos secundarios específicos que pueden durar toda la vida. En particular, el cisplatino causa una pérdida de audición dependiente de la dosis y el daño a las fibras nerviosas largas (polineuropatía) que en su mayoría son irreversibles. De manera similar, la doxorrubicina es tóxica para el músculo cardíaco y puede causar insuficiencia cardíaca. Ambas drogas esencialmente tienen una dosis máxima de por vida.
A la larga, sin embargo, el efecto secundario más peligroso de la quimioterapia es que en sí mismo puede causar cáncer. Esto es esencialmente específico para las drogas particulares que funcionan destruyendo o distorsionando el ADN, como los compuestos de platino y las drogas alquilantes. Los oncólogos generalmente se aseguran de informar a los pacientes en riesgo (típicamente pacientes jóvenes que reciben regímenes curativos en dosis altas, como muchos pacientes con linfoma y cáncer testicular) que el tratamiento que los curará de la enfermedad actual puede causar otro cáncer 20, 30 o 40 años después.