¿Es menos probable que el cuerpo proteja contra los virus cuando duerme?

No. Tu sistema inmune no es más débil durante el sueño. Hubo un estudio [lo siento, no puedo recordar el nombre del autor o la universidad] con ratones donde probaron sus respuestas inmunes a las infecciones durante la noche y el día. Hubo una ligera diferencia en la tasa de infección, pero no es concluyente y los ratones no son un sujeto preciso para estudiar el sistema inmune humano.

Incluso si ese fuera el caso [que no es]. Ciertamente no te infectaste durante tu sueño.

Todos los patógenos (bacterias, virus, etc.) tienen un período de incubación. El período de incubación es el tiempo transcurrido entre la exposición al patógeno y la aparición de los síntomas. Durante este período, el virus de la gripe se está replicando. Una vez que la cantidad de virus en su sangre [también conocida como carga viral] alcanza un cierto nivel, sentirá los síntomas.

El período de incubación de la influenza [también conocido como la gripe] es de 1 a 4 días [promedio 2 días]. Common Cold tiene un tiempo de incubación de 1-3 días [promedio de 2 días] [Sí el resfriado común es diferente de Influenza]. El período de incubación de Streptococcus [también conocido como faringitis estreptocócica] suele ser de 2-4 días [promedio de 3 días] El período de incubación para la malaria suele ser de 9-14 días. Para la fiebre del dengue es de 4 a 10 días.

Larga historia corta. No te infectaste con el virus de la gripe el domingo por la noche. O incluso el sábado. Probablemente estabas expuesto al virus de la gripe el viernes. Suponiendo que es la gripe y no otro patógeno.

No conozco ningún patógeno que pueda infectarlo y causar síntomas en 10-12 horas. Estoy seguro de que hay algunos que pueden enfermarte muy rápido, pero no son patógenos comunes.

Si hubiera dormido con la boca abierta, su garganta se habría secado por la mañana, así que sienta dolor. Cuando estés despierto, cerrarás la boca.
Al despertar, las personas se vuelven más rígidas en los músculos y las articulaciones y luego de moverse durante un tiempo, por lo que los dolores musculares y articulares se sienten más al levantarse.

Pudo haber comenzado durante el día también, esta vez comenzó cuando dormiste. Coincidencia, creo.