Estoy siguiendo la tendencia de investigación y las publicaciones de la investigación de D. E Shaw desde su hazaña épica de simular simulaciones de dinámica molecular de micro y mili.
Recientemente, DESRES publicó su trabajo sobre Anton 2 y actualmente trabaja en Anton 3 para hacer que el software MD de propósito especial sea más rápido y económico con la capacidad de realizar femtosegundos y pueda ser una simulación QM / MM MD a una velocidad vertiginosa.
Algunos de sus otros trabajos incluyen el reconocimiento del sitio de unión que se dirige hacia el reconocimiento apropiado del sitio de unión de los inhibidores de tirosina cinasa tales como dasatinib, etc.
DESRES también está trabajando en las interacciones de la membrana de los GPCR, la identificación del sitio de unión alostérico, el plegamiento de proteínas, etc.
Pero según mi punto de vista y mirando hacia su tendencia de trabajo, creo que el principal avance en el que están realmente interesados es el desarrollo de un inmenso poder de cómputo con los avances arquitectónicos y científicos en la versión 3 de la súper computadora anton Especial, así como en la mejora de campos de fuerza actuales.
Alguna buena lectura que dará una idea de su trabajo:
David E. Shaw, JP Grossman, Joseph A. Bank, Brannon Batson, J. Adam Butts, Jack C. Chao, Martin M. Deneroff, Ron O. Dror, Amos Even, Christopher H. Fenton, Anthony Forte, Joseph Gagliardo, Gennette Gill, Brian Greskamp, C. Richard Ho, Douglas J. Ierardi, Lev Iserovich, Jeffrey S. Kuskin, Richard H. Larson, Timothy Layman, Li-Siang Lee, Adam K. Lerer, Chester Li, Daniel Killebrew, Kenneth M. Mackenzie, Shark Yeuk-Hai Mok, Mark A. Moraes, Rolf Mueller, Lawrence J. Nociolo, Jon L. Peticolas, Terry Quan, Daniel Ramot, John K. Salmon, Daniele P. Scarpazza, U. Ben Schafer, Naseer Siddique , Christopher W. Snyder, Jochen Spengler, Ping Tak, Peter Tang, Michael Theobald, Horia Toma, Brian Towles, Benjamin Vitale, Stanley C. Wang y Cliff Young, “Anton 2: elevando el nivel de rendimiento y programabilidad en un especial propósito de la supercomputadora de dinámica molecular, ” Actas de la Conferencia Internacional de Computación de Alto Rendimiento, Redes, Almacenamiento y Análisis (SC14) , Pisca taway, NJ: IEEE, 2014, pp. 41-53. Texto
Yibing Shan, Kavitha Gnanasambandan, Daniela Ungureanu, Eric T. Kim, Henrik Hammarén, Kazuo Yamashita, Olli Silvennoinen, David E. Shaw y Stevan R. Hubbard, “Base molecular para la autoinhibición dependiente de pseudoquinasa de la tirosina cinasa JAK2”, Nature Structural & Molecular Biology , vol. 21, no. 7, 2014, pp. 579-584. Texto
Albert C. Pan, Thomas M. Weinreich, Yibing Shan, Daniele P. Scarpazza y David E. Shaw, “Evaluación de la precisión de dos métodos de muestreo mejorados utilizando rutas de transición EGFR cinasa: la influencia de la elección de variables colectivas”, Journal of Chemical Teoría y Computación , vol. 10, no. 7, 2014, pp. 2860-2865. Texto
Stefano Piana, John L. Klepeis y David E. Shaw, “Evaluación de la precisión de los modelos físicos utilizados en las simulaciones de plegamiento de proteínas: evidencia cuantitativa de simulaciones de dinámica molecular larga”, Current Opinion in Structural Biology , vol. 24, 2014, pp. 98-105. Texto
Ron O. Dror, Hillary F. Green, Celine Valant, David W. Borhani, James R. Valcourt, Albert C. Pan, Daniel H. Arlow, Meritxell Canals, J. Robert Lane, Raphaël Rahmani, Jonathan B. Baell, Patrick M. Sexton, Arthur Christopoulos y David E. Shaw, “Base estructural para la modulación de un receptor acoplado a proteínas G por fármacos alostéricos”, Nature , vol. 503, no. 7475, 2013, pp. 295-299. Texto
Lista completa aquí http://www.deshawresearch.com/pu…
