El peroxisoma es en realidad un orgánulo en sí mismo y la forma en que se ensambla es complejo y controvertido.
Comienza con vesículas derivadas del retículo endoplásmico que transportan muchas proteínas de membrana, esas vesículas se fusionan para formar el translocon peroxisomal. Esos translocons luego absorben proteínas solubles del citosol para completar la formación de los peroxisomas.
El número de peroxisomas se regula a través de la ruta del retículo endoplásmico, a través de la fisión (división) de los peroxisomas existentes y a través de la segregación
