En la investigación de vacunas contra el VIH, algunas personas han estado tratando de crear antígenos optimizados para estimular las respuestas de las células T utilizando enfoques computacionales. Básicamente, comparan las secuencias de péptidos para una proteína particular (por ejemplo, gag) que se encuentran con mayor frecuencia en las cepas circulantes del VIH. Luego recrean la secuencia de proteínas para reflejar el mejor ajuste para la mayor proporción de estas variaciones. A continuación, optimizan adicionalmente estas secuencias sobre la base de epítopos (9-12 secuencias de aminoácidos) que provocan las respuestas de células T más vigorosas. La secuencia resultante se pega luego en un vector (un virus de ingeniería de algún tipo, digamos un pariente del virus del resfrío) y se prueba como un antígeno vacunal candidato. Por cierto, estos se llaman antígenos de mosaico.
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Hay muchas investigaciones que analizan la evolución genética de los virus. En muchos casos, los investigadores tratarán de predecir cuándo y qué nuevos virus aparecerán.
También hay simulación de dinámica molecular para observar la dinámica molecular del virus y cómo diseñar medicamentos.
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