El mejor recurso para esta información son los resultados de la competencia CAPRI [http://www.ebi.ac.uk/msd-srv/cap… Normalmente, los mejores intérpretes en CAPRI están utilizando algunos de los mejores softwares. He tenido éxito con ZDock, Rosetta ++, Autodock e incluso Molecular Dynamcis. También hay muchas soluciones comerciales (GOLD, DOCK, Fred, FlexX). Un artículo de revisión de la última ronda de CAPRI debería ayudarlo a encontrar la respuesta.
Bioinformática: ¿Cuál es el mejor programa de acoplamiento (interacciones receptor-ligando)?
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En términos prácticos, el verdadero problema es que el software de acoplamiento proporciona un gran número de falsos positivos: las moléculas que cabría esperar para inhibir las proteínas no lo hacen en el cribado de alto rendimiento. La literatura sugiere que alrededor del 5-10% de los éxitos previstos son reales, aunque desde mi punto de vista puede ser preciso hasta 60-90% si se diseñan correctamente y las mejores técnicas y tiempos de cálculo más largos, incluida la flexibilidad de proteínas y las limitaciones de los farmacóforos.
En el caso de la versión GRATUITA y de código abierto, AutoDock es intocable, con una tasa de éxito superior al 90%. En muchos casos se ha utilizado con éxito para detectar grandes bases de datos generadas por programas como FightAIDS @ Home, Docking @ Home, etc. Proyectos de Community Grid.
Hoy en día puede probar con 1-Click Docking, que es un programa de acoplamiento basado en Internet fácil de usar que utiliza el flujo de trabajo de AutoDock Vina y es bastante efectivo en términos de velocidad y una interfaz fácil de usar.
En un documento de Cross JB et al. (Citado por 128) donde realizaron una comparación de diferentes softwares, se informa que “el acoplamiento del ligando Cognate a 68 complejos de rayos X de alta resolución revelaron que ICM, GLIDE y Surflex generaron ligandos. posicionado cerca de la conformación de rayos X con más frecuencia que los otros programas de atraque. GLIDE y Surflex también superaron a los otros programas de acoplamiento cuando se utilizaron para el cribado virtual, en base a los valores de enriquecimiento ROC AUC y ROC obtenidos para los 40 objetivos de proteína en el Directorio de Señuelos útiles (DUD) “. Ref: Comparación de varios modelos de acoplamiento molecular … [J Chem Inf Model. 2009]
En otro documento altamente citado (citado por 385) por E Kellenberger et al. donde compararon ocho softwares de acoplamiento (DOCK, FLEXX, FRED, GLIDE, GOLD, SLIDE, SURFLEX y QXP) se encontró que GLIDE, GOLD y SUR-
FLEX es el más exitoso en el ranking de inhibidores conocidos en un experimento de detección virtual. Ref: http://tri-ibiotech.com/upload/2 …
Veredicto final:
A continuación, encontrará una lista de software bien aceptado que puede ofrecerle hasta 90% de precisión si se implementa con las mejores técnicas, como un mayor tiempo de ejecución y diseño racional, etc.
1. AutoDock (Debido a su éxito en los proyectos World Community Grid, el diseño de un inhibidor de la proteasa del VIH comercializado actualmente y muchos medicamentos actualmente utilizados)
2. GLIDE
3. ORO
4. Surflex
5. ICM
6. FLExX
Nota: Olvidé mencionar Discovery Studio (Gracias: Usuario de Quora) y MOE.
Algunos nuevos servidores y software emergentes que valen la pena intentar:
1.FITTED (Flexibilidad inducida a través de la descripción evolutiva dirigida)
2.GlamDock
3.LigandFit
4.eHITs
5.Molegro Virtual docker
6.VLifeDock
7.1-Hacer clic en Docking
8.Swiss Dock
9.iGEMDOCK
10. UCSF-DOCK
11. DOCK
12. PatchDock y cualquier nuevo software de acoplamiento
Recuerde que elegir el objetivo correcto y diseñar un nuevo ligando a partir de una estructura de plomo es un arte realizado por el acoplamiento del cerebro humano solo para la validación. Por lo tanto, un buen diseño racional siempre obtendrá una puntuación alta y la conformación de enlace más cercana en casi todos los casos. Le corresponde al diseñador hacerlo mejor.
Nota: Puede consultar la lista de softwares de acoplamiento en LINKS IMPORTANTES – http://www.insilicomolecule.com 2. Software y herramientas
Estoy de acuerdo aquí con Adam Kraut. Aunque debo añadir que el rendimiento del software de acoplamiento depende en gran medida de la clase de proteína para la que están optimizados o entrenados, por lo que los resultados de CAPRI pueden no funcionar como guía definitiva. Por ejemplo, Glide funciona muy bien con proteínas quinasas, al mismo tiempo, Gold tiene muy buenas funciones de puntuación que funcionan razonablemente bien con todo tipo de proteínas. Prefiero usar al menos 2 softwares y confiar en mis propias funciones de puntuación de consenso.
Para más información:
1. http://dx.doi.org/10.1002/jcc.21643 (última comparación)
2. http://dx.doi.org/10.1002/prot.2 … (antiguo pero aún más relevante)
3. http://dx.doi.org/10.1038/nrd1364
En un nivel muy abstracto: para la detección del ligando del receptor recomendaría AUTODOCK
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