¿Existe una base de datos de todos los posibles receptores con los que un medicamento (o molécula) puede reaccionar?

Puede probar ChEMBL (https://www.ebi.ac.uk/chembldb/i…) comisariada por el Instituto Europeo de Bioinformática. También puede probar BindingDB, que proviene de varias fuentes, entre ellas ChEMBL (http://www.bindingdb.org/bind/in…). Para el propósito que describió, querrá buscar por compuesto (http://www.bindingdb.org/bind/By…).

Recopila datos de artículos de revistas, por lo que también lo vincula a la publicación. Es probable que le falten algunos receptores, pero para los dos ligandos que enumeró aparecen bastantes golpes. Por supuesto, solo podrá encontrar datos para el pequeño subconjunto de interacciones receptor-ligando que se han estudiado y publicado.

También puede probar el software de acoplamiento computacional, aunque normalmente esto se utiliza para detectar una estructura de proteína determinada (archivo PDB) para posibles ligandos y no al revés. Una herramienta web para esto, mantenida por el laboratorio Shoichet, se llama DOCK (http://blaster.docking.org/).

Un buen lugar para comenzar es el artículo de revisión sobre bases de datos de receptor – ligando, bases de datos de receptores y sitios web computacionales … [Methods Mol Biol. 2012]. Entre otros, puedes probar la base de datos IUPHAR: IUPHAR DATABASE | HERRAMIENTAS DE BÚSQUEDA DE LIGANDOS.

Fui a una conferencia recientemente sobre este tema. Aquí hay alguna jerga que podría ser útil:
Matemáticamente, una base de datos de este tipo estaría mirando el ” espacio compuesto químico ” (CCS), y una búsqueda con los términos “espacio compuesto químico” y “base de datos” presenta las siguientes cosas interesantes:

http://pubs.rsc.org/en/Content/A
http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1
http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1
http://www.fujitsu.com/downloads
http://www.springerlink.com/cont
http://pubs.rsc.org/en/Content/A

¡Espero que esto ayude!