Con la difracción de rayos X tendrías que encontrar las condiciones para cristalizar la proteína con el sustrato; estas condiciones pueden ser difíciles o imposibles de encontrar un par de proteína-ligando dado, e incluso entonces, las condiciones de cristalización pueden producir una conformación de co-cristal que no refleja el modo de unión in vivo, o lo impide por completo.
Con NMR tienes la proteína en solución acuosa (si muy concentrada), por lo que te enfrentas a un sistema que da más libertad a los ligandos y proteínas para reunirse e interactuar. La técnica llamada mapeo de desplazamiento químico, o titulación de cambio químico, puede decirle qué residuos se ven afectados por la unión de un ligando específico. La preparación para la solución lista para RMN y el propio experimento de RMN son más rápidos y escalables que los ensayos basados en cristalización.
