En general, las proteínas se analizan en un enfoque “descendente” en el que la proteína completa se analiza intacta, o un enfoque “ascendente” en el que la proteína se digiere primero en fragmentos peptídicos por escisión enzimática usando una proteasa como tripsina Posteriormente, estos péptidos se introducen en el espectrómetro de masas y se identifican mediante huella dactilar de masas de péptidos. Las masas absolutas de los péptidos más pequeños se pueden medir con precisión con un espectrómetro de masas como MALDI-TOF o ESI-TOF. Estos fragmentos más pequeños son más fáciles de analizar que las proteínas intactas y pueden determinarse con una precisión mucho mayor que las proteínas intactas. Las masas peptídicas se comparan con una base de datos (SQL) que contiene secuencias de proteínas conocidas mediante el uso de programas informáticos que traducen el genoma conocido del organismo en proteínas, luego cortan teóricamente las proteínas en péptidos y calculan las masas absolutas de los péptidos de cada proteína . Luego comparan las masas de los péptidos de la proteína desconocida con las masas teóricas de péptidos de cada proteína codificada en el genoma. Los resultados se analizan estadísticamente para encontrar la mejor coincidencia.
Edición 1: La estructura terciaria nativa de la proteína se identifica adicionalmente por 1) división enzimática restringida (sitio específico) 2) diferencia en los espectros como se ve por la disponibilidad relativa de sitios de protonación 3) intercambio H / D para hacer un mapeo de masa proteica.
Para resumir: una proteína en diferentes conformaciones muestra diferentes espectros de masas y una combinación de MS + biología computacional / técnicas bioinformáticas nos da una idea justa de la estructura nativa.
