No estoy seguro exactamente de lo que estás buscando.
Necesita un ensayo que pueda evaluar esto; los programas no hacen eso, simplemente hacen que los datos adquiridos por usted sean más fáciles de evaluar por los humanos al darnos buenos valores únicos que representan las cosas que vemos en las tendencias de los datos brutos. Entonces, el ensayo es la parte principal para obtener la afinidad de unión, el análisis de datos es solo dos copias / pastillas después de horas de análisis, por lo que no es probable que sea el paso limitante de la velocidad. A menos que no hagas los experimentos, ¿pero entregues muchos datos sin procesar?
El ensayo que ejecutará puede variar, pero cosas como la saturación del radioligando o quizás la resonancia del plasmón superficial son útiles. En cualquier caso, necesitarás algunos equipos, y esto va a ser costoso. Pero aquí, puede ver los diferentes instrumentos de medición y ver si hay alguno que le facilite trabajar con la salida. Mi conjetura es, no. Pero algunos fabricantes pueden ofrecer software que puede calcular automáticamente diferentes parámetros mientras lee el ensayo, lo que podría estar más en línea con lo que está buscando.
Aunque tendrías que aumentar tu rendimiento antes de que esto sea preferible; para cualquier cosa manejable, es probable que desee ver sus datos en bruto para asegurarse de que no se vea funky. Si no observas eso, sino que obtienes determinaciones de Kd automatizadas, cualquier experimento que se vea comprometido por algún motivo te dará una Kd, pero sería falso. Y no lo sabrías, ya que no has mirado los datos brutos. Lo mismo si tienes una afinidad cero, una computadora aún intentará ajustarse a una curva para darte un Kd si lo pides, pero esto te daría una imagen peligrosamente falsa. Así que automatizar cosas como esta solo tiene sentido si está recibiendo montones y montones de datos, y tiene que pasar por una pantalla de muchos miles de interacciones que luego verificará manualmente para eliminar los errores que obtiene de un enfoque automatizado . Y si no te importa perder algunas cosas, ya que es probable que tengas errores tipo I y tipo II.
Estoy usando GraphPad Prism para calcular los parámetros farmacológicos, como los valores Kd y Ki, y esto definitivamente no es automático, pero una vez que estableces un experimento, puedes copiar / pegar los datos sin procesar de cualquier experimento y obtener el Kd para muchas (MUCHAS) interacciones fármaco / proteína. Esto es realmente muy fácil, y apenas lleva tiempo, incluso para cientos de curvas simples (interacciones de fármaco / proteína en su caso).
(NOTA: Pienso principalmente en receptores cuando dices interacción droga / proteína. Para las proteínas solubles, el experimento será aún más engorroso, y el enfoque del radioligando podría no funcionar, dependiendo de tu proteína, qué filtros y columnas puedes uso, ya sea que puedas o no inmovilizarlo, etc. Pero se aplica lo mismo, más aún, es la recolección de datos, no el análisis lo que llevará tiempo).
