Un poco de aclaración primero.
Te refieres a metazoos y hongos, no a todos los eucariotas. Algunos eucariotas pasan sin mitocondria. Los genomas mitocondriales de las plantas son mucho más grandes y contienen muchos más genes que los genomas metazoarios.
La endosimbiosis ocurrió históricamente; una vez que lo hizo no hay forma de evitarlo. Creo que su pregunta es por qué no mover todos los genes mitocondriales al genoma nuclear. Es una buena pregunta y AFAIK no hay una respuesta definitiva. Pero los genes restantes codifican todas las proteínas de membrana (si no recuerdo mal), por lo que puede ser mejor hacerlas en la mitocondria.
Un interesante experimento de biología sintética sería hacer una célula (quizás una célula de levadura) con mitocondrias pero sin un genoma mitocondrial. Tal vez alguien ya ha intentado pasos hacia esto.
