La razón básica de esta diferencia son las diferencias mecánicas entre las inmunizaciones y los antibióticos. Las inmunizaciones proporcionan inmunidad adquirida a un patógeno, es decir, la inmunización le da al sistema inmune un “objetivo” que puede usar para destruir otros patógenos con ese objetivo (es decir, antígeno). Una vez que el sistema inmune se da cuenta de una infección causada por uno de estos antígenos conocidos, el sistema destruye el objetivo en su totalidad. Al destruir todos los patógenos en el cuerpo, (esencialmente) no quedan organismos para evolucionar. Sin embargo, los patógenos pueden mutar naturalmente fuera del cuerpo y pueden hacer que las vacunas existentes sean menos efectivas.
Los antibióticos son un compuesto artificial para destruir una gran población de un tipo de patógeno. Al hacer esto, se simula un entorno evolutivo in vivo, donde muchos (pero no todos) los patógenos mueren debido a una presión externa. Los patógenos sobrevivientes pueden haber “tenido suerte” al no estar expuestos al antibiótico o no son susceptibles al antibiótico (debido a la variación genética). Al permitir que algunos de los patógenos sobrevivan, los antibióticos permiten la reproducción de los patógenos supervivientes. Si los patógenos sobrevivientes son genéticamente diferentes, su resistencia persistirá en las siguientes generaciones dentro del cuerpo. Estos patógenos resistentes, por supuesto, pueden causar que la enfermedad resurja dentro del paciente y / o se propague a otros.
