La principal limitación es que el modelo de ajuste inducido no es el único factor que contribuye a la actividad enzimática; y en algunos casos contribuye muy poco.
La función enzimática es el resultado del posicionamiento de los aminoácidos en el sitio activo gobernado por la macroestructura de la proteína.
La conformación estructural en el sitio activo creará los siguientes controladores para la catálisis de la reacción. Algunos de estos participarán químicamente en la reacción, otros reducirán la barrera de activación o aumentarán la probabilidad de que ocurra una reacción.
- Interacción electrostática
- Donantes y receptores de protones
- Ajuste inducido
- Ordenación de proximidad y orientación de sustratos
- provisión de cofactores y grupos prostéticos
- Estabilización del estado de transición
El sitio activo de cualquier enzima dada contribuirá con todos estos factores, pero dependiendo de la enzima y de la reacción en cuestión, podemos decir que “en este caso” algunos catalizadores son más importantes que otros.
La mayor debilidad del modelo de ajuste inducido es que no identifica explícitamente la química que ocurrirá en una reacción enzimática. (Piense en el mecanismo de empujar flechas)
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