Como se describe en las otras respuestas, en una proteína los aminoácidos están conectados en un polímero lineal, con un terminal amino y un terminal carboxi. También puede haber enlaces cruzados covalentes (lo más comúnmente enlaces disulfuro entre cadenas laterales de cisteína) dentro del polímero por lo demás lineal. (Existen péptidos cíclicos, como se indicó, pero son demasiado pequeños para ser considerados proteínas).
La estructura cuaternaria a la que se refiere Sivaa Saanth se encuentra en algunas, pero no en todas las proteínas; significa que la forma funcional de la proteína consiste en más de un polipéptido (polímero de aminoácido), mantenidos juntos por interacciones covalentes o no covalentes. En tales casos, hay más de un extremo amino y más de un extremo carboxi. La insulina, por ejemplo, consiste en dos cadenas polipeptídicas, aunque en su caso se sintetiza como una cadena larga y una pieza se extirpa del medio.
