¿Qué sucede con las proteínas expresadas por alelos no dominantes? ¿Su síntesis es un desperdicio completo de energía y aminoácidos?

Como con tantas cosas: depende. Algunos producirán una proteína acortada o mal plegada que generalmente se degrada rápidamente. Algunos producen una proteína que simplemente no funciona y se degradará de manera rutinaria sin lograr nada. Algunos interferirán con el funcionamiento del alelo dominante. Dominancia (genética)

Pero, en general, son un desperdicio de energía, ya que requieren la misma inversión que la producción de una proteína funcional.