Depende mucho de las proteínas en cuestión, por supuesto, y de las condiciones que está experimentando la célula. Por ejemplo, si alguna vez ha tratado de sobreexpresar una proteína recombinante en E. coli , es posible que haya visto la producción de cuerpos de inclusión, cuando la maquinaria de la célula se ha vuelto un poco extraña intentando sobreproducir la proteína y no hay suficientes chaperones o proteasas para tratar las proteínas agregadas mal plegadas.
Esta es una condición muy artificial, por supuesto, pero también existen condiciones en la naturaleza (choque térmico, por ejemplo) que pueden abrumar temporalmente la capacidad protectora de chaperones y proteasas. Este es, por supuesto, un problema a corto plazo, y la célula a menudo produce más chaperones y proteasas para manejarlo.
Por lo tanto, la ruta general para proteínas agregadas mal plegadas es replegarse a través de las chaperonas o la degradación a través de proteasas. Una excepción notable es ciertas proteínas que se agregan y no se pueden tratar a través de estas rutas: tendemos a clasificar todas estas proteínas juntas y las llamamos priones. A veces estas proteínas causan enfermedades (enfermedad de las vacas locas, por ejemplo), pero también hay ejemplos en los que creemos que hay algún tipo de beneficio evolutivo de este tipo de agregación de proteínas (la proteína Sup35 en la levadura, por ejemplo).
