Se induce la fragmentación para proporcionar información estructural adicional sobre su analito. El solo hecho de obtener un valor para el peso molecular (que es todo lo que obtiene con técnicas de ionización suave, como la electropulverización) no proporciona mucha información útil. Al forzar a la molécula a fragmentarse, se crea una especie de rompecabezas en 3D que facilita la identificación estructural.
La fragmentación puede inducirse en la fuente o en un instrumento MS-MS. Modern Ion Traps y Orbitraps pueden llevar a cabo múltiples etapas de fragmentación, para darle MS-MS-MS-MS …. Aunque la cantidad de información útil tiende a disminuir después de varias etapas.
