La estructura 3-d se puede descubrir usando los métodos experimentales tradicionales o mediante el uso de software (en silico)
Los métodos tradicionales incluyen:
Cristalografía de rayos X
NMR
microscopio de electrones
Las herramientas in-silico incluyen:
a través de la secuencia como entrada y determinando la estructura.
Modelado de homología
Redes neuronales
Métodos ab-initio (algoritmo chou-fasman)
VAST, cn3D, a través de alineación de estructuras
También hay muchas formas de determinar las predicciones de plegamientos y estructuras secundarias.
