¿Por qué algunos amiloides no se descomponen durante la proteólisis?

Chico listo.
Sí, Siddharth Shukla tiene la respuesta correcta. Solo para agregarle:

Algunos amiloides tienen varias estructuras y propiedades que los hacen difíciles de degradar. Hablaré primero de los amiloides y de la proteolisis.
La agregación amiloidea es muy energéticamente favorable (y “favorable para el medio ambiente”) y puede proceder en este mecanismo:
Resultados de la investigación: amiloide (contiene imágenes, vocabulario, energía de la formación de amiloide, etc., cortesía del grupo Talaga en Rutgers)

Diferentes tipos de ensamblaje de amiloide:
La estabilización de una horquilla β en el péptido amiloide-β de Alzheimer monomérico inhibe la formación de amiloide

Ahora es difícil imaginar las escalas de estas fibrillas y monómeros, a menos que tengas esta imagen:
Nanomecánica de materiales amiloides funcionales y patológicos

Estas fibrillas ensambladas son fuertes, sin importar de qué estén hechas, y tienen diferentes tipos de estructuras:
IOP

Aquí hay otra imagen de las beta-fibrillas referenciadas por Siddharth:
(Gracias, Wikimedia.)

Ahora para la degradación de amiloides:
La proteólisis es un término muy amplio, que los investigadores no usan a menudo porque se refiere a muchas vías y mecanismos para degradar las proteínas.
La proteolisis requiere secuencias / aminoácidos específicos en amiloides que a menudo son parte de amiloide / placas / hélices / bicapas / etc. en el que las unidades expuestas usualmente están protegidas u ocultas a la proteólisis, que incluye la ubiquitinación y la degradación intracelular (menos eficiente que la ubiquitinación).

En las siguientes imágenes, los investigadores modelaron y visualizaron el ensamblaje de bicapa de un tipo de amiloide y mostraron los diferentes “niveles” de agregación.
El rojo es para aminoácidos que son hidrofílicos; el morado es para los hidrofóbicos. Las líneas blancas muestran interfaces de bicapa ensambladas de proteínas amiloides.

Aquí están las hojas laminadas que forman esas bicapas en la Figura 5A, del mismo papel:
Emory.edu

Como puede ver, encontrar una sola lisina que fuera estéricamente libre en una proteína de sustrato sería difícil, si no casi imposible, en la mayoría de estas estructuras.

Aquí hay una revisión exhaustiva de la proteólisis, las proteínas y los mecanismos implicados: Proteólisis: del lisosoma a la ubiquitina y el proteasoma.

Aparte: los tratamientos pueden enfocarse en esto: diseño racional de los inhibidores de anticuerpos de dominio potente del ensamblaje de fibrillas de amiloide donde los confórmeros no se convertirán en amiloides y es de esperar que puedan ser degradados por la proteolisis u otros métodos que aún estamos desarrollando.

Más imágenes / documentos aquí: Publicaciones amiloides del Prof. Lynn

¡Espero que esto haya ayudado, Joseph Philleo!