La afinidad se da con mayor frecuencia como una constante de disociación. Esta es una combinación de propiedades cinéticas, específicamente la velocidad de disociación y asociación (también llamada “velocidad de desconexión”, k (desactivada) y “frecuencia de activación”, k (activada)). El cálculo es bastante directo, la constante de disociación (Kd) se da como
Kd = k (apagado) / k (encendido).
Sin embargo, obtener los parámetros cinéticos k (on) yk (off) no son sencillos. Entonces, una forma de calcular Kd, dados los parámetros que a menudo son más fáciles de determinar, con mayor frecuencia usa las concentraciones. Esto hace suposiciones, y hay muchas circunstancias donde esto no funciona, pero en el caso más simple (solo un ligando puede unirse, etc.), tendrías un ligando (L) y una proteína, por ejemplo un receptor (R) . Pueden asociarse, y esta ‘reacción’ a menudo se representa como L + R LR, donde LR está ligada a L. Aquí, k (on) es la constante de velocidad para pasar de L + R a LR, y k (apagado) es la constante de velocidad para ir hacia el otro lado.
Para calcular Kd a partir de esto, debemos tomar las actividades de los diferentes componentes, donde
Kd = a (L) * a (R) / a (LR).
Pero nuevamente, nos paramos, ya que las actividades no se obtienen fácilmente. Lo que hacemos en la práctica es simplificar. Usar una simplificación, para la mayoría de los propósitos, es suficiente. En lugar de usar las actividades químicas, utilizamos concentraciones. Entonces el cálculo se convierte
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Kd = [L] [R] / [LR].
Al igual que muchas otras cosas en los primeros años de la educación científica, decir que esto nos da afinidades es directamente mentiroso. Pero está lo suficientemente cerca como para que pueda ser útil.
