Cómo encontrar el conjunto completo de proteínas para el que una molécula tiene afinidad de unión (ketamina, por ejemplo)

Esta es una situación bastante común en bioquímica. Está investigando un químico y desea encontrar toda la información que pueda sobre él. Desafortunadamente, Pubmed no está configurado para esta tarea. Mientras que la ketamina específicamente es lo suficientemente común como para que pueda encontrar muchas referencias a través de Pubmed, usted todavía tiene que revisar todas las referencias para encontrar información específica y este método no funciona bien para ningún compuesto sin un nombre común.

Necesita un motor de búsqueda más especializado para la biología química. Afortunadamente, uno existe. Para encontrar respuestas a este tipo de preguntas, diríjase al primo injustamente menos conocido de Pubmed, The PubChem Project, y busque directamente en “ketamina” o dibuje la estructura

Al hacer clic en buscar, obtendrá información detallada sobre el compuesto

La opción 15 dará los 16 objetivos conocidos del compuesto (siempre que estén en la base de datos de Drugbank)

Además, Pubchem tiene mucha otra información útil sobre la ketamina:

  1. Donde puedes comprarlo
  2. Información de seguridad y eliminación
  3. Toxicología de Toxnet [1]
  4. Procedimientos analíticos para cuantificar la ketamina
  5. Propiedades físicas y químicas [2]
  6. Patentes presentadas en aplicaciones de ketamina
  7. Clases compuestas para padres

Si está interesado solo en proteínas GPCR específicamente, puede usar la base de datos GLASS, que utiliza el procesamiento del lenguaje natural para recoger algunos datos de Pubmed que Pubchem puede perderse [3] [4]

Notas a pie de página

[1] HSDB – Fuente de datos PubChem

[2] ¿Cómo calcula PubChem las propiedades calculadas para un compuesto de PubChem?

[3] GLASS: una base de datos exhaustiva para asociaciones GPCR-ligando validadas experimentalmente.

[4] Ligando de cristal: ketamina