¿Qué son los algoritmos y el software para encontrar la distancia estructural proteica entre dos estructuras PDB?

Como dijo Malcolm Zachariah, PyMol funciona. Esto es lo que haces:

1) Cargue dos estructuras en PyMol:

2) En la línea de comando, escriba ” alinear estructura1, estructura2″ (asegúrese de usar los nombres de las estructuras). Dará algo como esto:

Puedes ver el RMSD justo en la parte inferior. En este caso, es 0.191 Å (utilicé casi exactamente las mismas estructuras).

Aquí hay un tutorial agradable y más detallado: Introducción a la alineación estructural con PyMOL