Hay varios métodos para hacerlo. El método tradicional consiste en tratar químicamente la proteína para romper puentes disulfuro, realizar una digestión parcial de la proteína para obtener fragmentos más pequeños, separar los fragmentos cromatográficamente y luego secuenciar usando una degradación de Edman (que extrae un solo aminoácido a la vez). Luego alinea los fragmentos superpuestos para obtener la secuencia completa. Una variación de ese proceso ha sido semiautomatizada en forma de dispositivos secuenciadores de proteínas.
Hoy en día, el método dominante es probablemente uno de los enfoques espectrográficos de masas. Gracias a su precisión y la disponibilidad de computadoras y software decentes, es práctico realizar la secuenciación de proteínas mediante la división de proteínas en péptidos cortos y el uso de datos de masa / carga para determinar cuáles son.
