¿Qué porcentaje de proteínas en el proteoma celular se pierde durante la caracterización de su proteoma?

Para una ejecución típica de LC-MS / MS: (22k ​​péptidos => 2.2k proteínas => 1.5k proteínas cuantificadas;) .7 / 2.2 x 100 = 32% (a partir de datos de 2011) Muy alta pérdida de la fracción de citosol.
El estado actual de análisis de la sopa proteómica es análogo al estudio del número promedio de pulgas en perros. Depende de su vista, depende del perro.
Lamentablemente, los trabajadores en este campo (PhD wanna be’s) tienen como objetivo poco más allá de la publicación, por lo tanto, hacer cualquier esfuerzo hacia la estandarización de protocolos y el análisis posterior SW un mundo de proveedores. (¿Por qué querrían ser como ‘cualquier otro proveedor?’)
En los primeros días de la secuenciación de las proteínas, los estándares dados se podían ejecutar como un control, y el tamaño máximo conformal se podía evaluar cuantificablemente. A esto se añade la aplicación médica de Protein Sequencing, que impuso al menos UN fabricante (Beckman 6300), un ‘estándar de FDA’ que otros no pudieron ignorar. Mientras que otras compañías evitaron a propósito las aplicaciones médicas (ABI), la necesidad competitiva de la secuenciación de ADN médica (forense) se convirtió en un requisito. En algún momento es posible que el análisis proteómico siga este curso, pero no lo veo en el futuro cercano. Los estados de enfermedad específicos de células pueden ser microscópicamente o el ELISA determinado con demasiada facilidad.