Aunque realmente no tengo una respuesta concreta a por qué las plantas superiores no tienen carboxisomas, mi mejor estimación sería que los carboxisomas evolucionaron después las cianobacterias (y otros organismos que contienen carboxisomas) se habían separado de sus últimos ancestros comunes con eucariotas.
Esto al menos explicaría por qué los carboxisomas se encuentran solo en unas pocas especies.
EDIT: había olvidado por completo que los cloroplastos evolucionaban por endosimbiosis.
De todos modos, ¡creo que ya has respondido tu propia pregunta! Es probable que los carboxisomas hayan evolucionado después del evento endosimbiótico que conduce a la formación de cloroplastos.
Sin embargo, si ese no fuera el caso, la única razón por la que puedo pensar por qué las plantas no tienen carboxisomas es que algunos genes esenciales del carboxisoma pueden haberse perdido durante las transferencias de genes horizontales desde el cloroplasto al núcleo de la planta. Esto se ha demostrado que ocurre para los genes mitocondriales al menos (Evolución del contenido del gen mitocondrial: pérdida de genes y transferencia al núcleo), estoy seguro de que también ha sucedido con los cloroplastos.
