¿Hay algún problema bioquímico abierto que pueda resolverse con métodos computacionales independientes de los métodos biológicos?

Creo que un buen problema bioquímico es la estructura libre mínima de la fibra de cromatina de 30 nm (si tal cosa existe).

Actualmente hay varios modelos propuestos para la fibra de 30 nm


También hay varias soluciones analíticas para esta pregunta, pero una comparación detallada entre todas las soluciones posibles y cómo se pliega una fibra de 10 nm en las diversas fibras de 30 nm es prácticamente desconocida.

En la actualidad, los métodos biológicos para determinar los fenómenos aún están en constante cambio y, en este momento, las mejores hipótesis son puramente teóricas. Pero la teoría y el posterior modelado computacional han proporcionado mucha buena intuición hasta ahora.

Esta pregunta fue una que me preguntaron con bastante frecuencia en mi trabajo de postgrado. Creo que la forma correcta de responder a esto es que los métodos computacionales pueden ayudar a encontrar una solución, pero necesitarás trabajar en húmedo para demostrarlo.

Hice muchos programas para varios laboratorios de biología y neurociencia en mi trabajo de posgrado y doctorado. Mi trabajo de doctorado fue en bioinformática, pero no inicialmente, el campo realmente no existía todavía. Sin embargo, hice muchos programas que ayudaron a resolver problemas y resolví completamente algunos incluso, pero los documentos de biología, en ese momento, pensaban en la computadora solo como una herramienta para facilitar las respuestas, pero no para generarlas.

Por ejemplo, supongamos que tiene 15 proteínas candidatas que el trabajo de laboratorio ha sugerido que están participando en una determinada reacción bioquímica. Usando la computadora para simular reacciones, podría clasificarlas para que el trabajo pueda continuar desde el rango más alto hasta el rango más bajo hasta encontrar el correcto en el laboratorio. A menudo estaba entre los tres primeros. Esto ayudó a la investigación al eliminar una gran cantidad de trabajo húmedo que a menudo era lento y costoso en términos de horas-hombre. Hice esto a menudo y fui respetado por este tipo de trabajo; sin embargo, me consideraban un científico de la computación y no un biólogo porque no lo comprobé en el trabajo en húmedo.

Mi propia disertación fue una simulación por computadora muy grande de la vida artificial en un entorno simulado. Esto incluyó biología molecular, bioquímica y bacteriología. Fue diseñado como un simulador evolutivo para determinar de forma independiente los métodos de creación de genes a través de la mutación. En ese momento, era difícil lograr que el departamento de biología aceptara una conclusión realizada por simulación por computadora. Una vez que tenía una solución, era un trabajo húmedo que se respetaba, y podía hacer el trabajo húmedo, pero no sobre el tema de mi disertación. En pocas palabras, todavía era CS.

Afortunadamente, llegó la bioinformática y las cosas cambiaron. Y eso fue hace algún tiempo, por lo que aún se han producido más cambios para hacer que esto sea diferente ahora. Me encantaría saber que tiene, pero creo que la bioquímica es un campo no computacional que aún requerirá pruebas en el laboratorio.

Opiniones bienvenidas.