¿Las personas que utilizan los programas de difracción de rayos X para predecir la estructura de una proteína en función de su patrón de difracción a menudo lo tratan como una caja negra?

A menudo, sí. Por lo general, eso también está bien: el software se ha desarrollado enormemente, y es una historia de éxito de la informática científica el hecho de que algo tan escandalosamente complicado * funciona con los valores predeterminados la mayoría de las veces. Una vez dicho esto, si hay algunas características cristalográficas conocidas (por ejemplo, simetría no cristalográfica, hermanamiento, redes múltiples …) entonces se puede obtener un nivel muy experto muy rápidamente. Por ahora al menos…

La excepción aquí es la difracción láser de electrones libre de rayos X, una técnica de pocos años de antigüedad, donde tenemos miles de cristales individuales para combinar en un solo conjunto de datos. El software para esto apenas comienza a ser accesible para usuarios que no son desarrolladores. Para tu información, esto es en lo que trabajo.

* La mitad de los datos son variables latentes (medimos solo la intensidad, no las fases), los errores sistemáticos en abundancia, los niveles de señal a ruido que caen por debajo de 1 …

Para bioquímicos de banco sin entrenamiento formal en difracción, la respuesta es, sin duda, sí.