Hay dos formas de hacer predicciones:
(1) Usar simulaciones atomísticas para simular las interacciones proteína-proteína. En teoría, esto puede proporcionar una gran precisión, pero es muy lento y depende de campos de fuerza precisos para aproximar los efectos cuánticos, pero los campos de fuerza pueden no ser una buena aproximación. También necesita la estructura in vivo de ambas proteínas para poder simular una interacción.
(2) Use técnicas más rápidas que incluyen pero no se limitan a varias técnicas de aprendizaje automático, enhebrado de proteínas, filogenia, etc. Si bien es posible extraer posibles interacciones con estas técnicas y obtener una tasa de falsos positivos mucho mejor que aleatoria, la precisión todavía no es muy alto.
En última instancia, debido a los problemas mencionados (y otros), debe hacer experimentos para confirmar cualquier interacción.
Para resumir, si bien es posible obtener algunas predicciones para la interactome que podrían ser útiles como parte de un algoritmo mayor, en realidad obtener predicciones fiables que pueda confiar y utilizar para construir hipótesis no son posibles afaik.
