Depende totalmente de la enzima que le interese. Algunas enzimas no pueden producirse en microorganismos ya que la enzima no funciona si se expresa en cualquier otro huésped que no sea el organismo natural, ya que requiere la presencia de componentes específicos para obtener la modificaciones plegables y postraduccionales. Sin embargo, es bastante común hacer producción de proteínas a granel en microorganismos como E.coli, Pichia pastoris y S. cerevisiae.
Aunque hay varias razones relacionadas para esto, se puede resumir en que es bastante fácil cultivar una gran cantidad de microorganismos que expresan una gran cantidad de proteína. Los microorganismos comunes utilizados para la producción de proteínas pueden crecer tanto rápido debido al corto tiempo de generación como a bajo costo debido a los medios de cultivo baratos. También se pueden cultivar en cultivos de crecimiento líquido con una alta densidad celular y alta concentración de proteínas por célula, lo que facilita el manejo y aumenta la eficacia general. En conjunto, esto a menudo hace que la producción de proteínas en los microorganismos sea muy barata y rápida en comparación con muchas otras formas de sistemas de expresión de proteínas.
Sin embargo, las células de insectos tienen otro sistema que es una alternativa popular a los microorganismos para la producción de proteínas. Una de las razones principales para esto es que las células de insectos específicas utilizadas se pueden cultivar como microorganismos de células individuales en un cultivo de crecimiento líquido.
