El exceso de aminoácidos de la proteína adicional (como se señaló en la pregunta) se somete a la gluconeogénesis o se excreta fuera del cuerpo a través de la orina. 
( Adaptado del Profesor Adjunto Yew, notas de Wen Shan sobre Metabolismo de Aminoácidos para LSM2101 en la Universidad Nacional de Singapur )
Puede ser interesante observar que cuando el cuerpo ya no contiene carbohidratos y grasas, comienza a usar proteínas como fuente de energía metabólica. Este es, sin embargo, un escenario extremo (como la inanición a largo plazo) ya que el cuerpo generalmente tiene un depósito suficiente de grasas para quemar, incluso si no hay un suministro de carbohidratos a través de la dieta. En casos tan raros, el cuerpo comienza a digerir sus propias proteínas para alimentar al cerebro y es por eso que las personas que pasan hambre a largo plazo comienzan a perder masa muscular.