Si lo haces bien, realmente no deberías tener problemas físicos causados por el instrumento. Las personas que han tenido problemas como el síndrome del túnel carpiano generalmente han tenido poca técnica (incluidos algunos jugadores conocidos, como Leo Kottke, que reconstruyó por completo su técnica después de sufrir tendinits).
Algunos músicos desarrollan RSI (lesión por esfuerzo repetitivo) al practicar demasiado. Los que conozco son músicos clásicos, la mayoría pianistas, que tienden a realizar los mismos movimientos una y otra vez durante muchas horas al día. Los músicos populares / de rock / jazz generalmente tienen un repertorio más amplio. Tocaremos un concierto con 40 melodías diferentes, en lugar de un solo concierto, por lo que usualmente cantamos una gama más amplia de movimientos.
Los otros comunes ya se han mencionado, pero están relacionados con el lugar de trabajo (cáncer de pulmón de lugares con humo) o con el estilo de vida que puede acompañar a una carrera musical (enfermedades de transmisión sexual, drogas, etc.). Realmente no los considero riesgos de la música.
Pero hay uno más que no se ha mencionado: el suicidio. Nunca he visto los números, pero conozco a un sorprendente número de músicos que decidieron terminar las cosas de esa manera. En la mayoría de los casos tenían otros problemas, como las adicciones a las drogas, pero no siempre es la carrera más estable, por lo que probablemente pueda agregar eso a su lista de riesgos.