Aquí está el artículo original para las personas que no saben cómo buscar estas cosas. Nunca entiendo por qué los comunicados de prensa no pueden incluir esta información básica.
La unión del factor de transcripción exónico dirige la elección del codón y afecta la evolución de la proteína
Francamente es un hallazgo bastante novedoso. Exagerado pero aún importante. Tradicionalmente, hemos visto la regulación traslacional controlada por factores no codificantes como el empalme, los ARN reguladores, los UTR y el uso de codones. Sin embargo, el trabajo reciente de Stamatoyannopoulos utilizando su método de huella DNaseI [1] sugiere que la regulación adicional se produce a través de la unión del factor de transcripción no solo aguas arriba de las regiones codificantes, sino directamente a la región codificante misma.
Tradicionalmente, el sesgo del codón se ha relacionado con la eficacia traduccional. Sin embargo, ahora muestran que los factores de transcripción se unen de forma no trivial a los exones. Su hipótesis se basa en la observación de que las regiones unidas a TF tienden a ser más conservadas que las regiones no unidas. Además, las mutaciones sinónimas influirán en la unión del factor de transcripción a regiones específicas, lo que sugiere que el sesgo del codón puede estar influido por el reconocimiento de TF.
Dicho esto, todavía no está claro cómo la unión a TF realmente influye en la expresión de proteínas y la regulación de genes. Sería interesante combinar la huella ribosomal con la huella DNaseI para ver si hay alguna tendencia. También sería interesante volver a analizar los datos de eficacia traduccional y volver a evaluar cómo el sesgo de codones se relaciona con la expresión de proteínas. En un vistazo rápido, parece que los TF también prefieren el codón más común.
Sin embargo, no lo considero un trabajo ganador del Premio Nobel. Si Charles Yanofsky no ganó por encontrar que los cambios estructurales del ARN regulan la traducción de proteínas, Stamatoyannopoulos tampoco debería serlo. La hipótesis de que las mutaciones sinónimas pueden regular la función del gen ha estado flotando durante mucho tiempo y varios documentos sobre el sesgo del codón ya han demostrado que los cambios dentro de los codones no solo se relacionan con la eficacia transicional, sino que también pueden influir en la estructura y empalme del ARN. Los métodos como la huella de los ribosomas y ahora SHAPE-Seq son formas significativamente más poderosas de responder preguntas similares. Conociendo Stamatoyannopoulos, probablemente comparará este conjunto de datos con su conjunto de datos Hi-C para buscar características relacionadas con la cromatina.
El valor de “duones” también puede ser exagerado. El gran porcentaje de interacción de pares de bases con los TF puede ser similar al hecho de que gran parte del ARNm está estructurado. Significa que algo existe no significa necesariamente que haga algo. Termodinámicamente hablando, siempre esperarías encontrar que las TF se unen al ADN y que se unen en todas partes. Tampoco está claro si este es un fenómeno específico del exón. Una gran proporción de SNV se producen en los UTR y los autores nunca miran hacia la conservación de las regiones no codificantes que interactúan con los TF. Además, no está claro si las regiones de unión a TF regulan específicamente la expresión génica o si son más bien una característica global. Por ejemplo, los estudios en levadura han demostrado que los sitios de unión a TF nunca podrían activarse excepto en situaciones de estrés. Bajo una respuesta de estrés, los TF se unirán de manera promiscua y afectarán globalmente la expresión de proteínas. Tampoco está claro si este es un fenómeno específico del codón. Tendencias similares en repeticiones triples también se han observado con la estructura del ARN. Sería más interesante buscar motivos simétricos.
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¿Cómo afecta esto la ciencia y la medicina en el futuro? Realmente no. Las personas van a ejecutar Hi-C y ChIP con la suposición de que los FT se unen a los exones de todos modos. Como la mayoría de los análisis de SNP ya buscan mutaciones reguladoras de genes en lugar de mutaciones codificantes, también encontraríamos esos “cambios ocultos”. Hubiera sido un biólogo molecular muy ingenuo si no asumiera que había un “segundo código” en las regiones de codificación. Sin embargo, es bueno saber que la suposición fue correcta.
En resumen, este descubrimiento es importante porque simplemente confirma nuestra hipótesis anterior de que la regulación genética es tan complicada como siempre hemos supuesto.
Tampoco ayuda cuando la comunidad de blogs de ciencias se está divirtiendo a su cargo. edyong209: ¿Duones? Doble significado en ADN …
[1] Los exones hipersensibles a ADNasa I colocalizan con promo … [Nat Genet. 2013]
Esto se publica en gran parte en https: //plus.google.com/+Christo…
