La calidad del agua subterránea varía de un lugar a otro según su ubicación geográfica. Esto determinará la presencia o ausencia de impurezas naturales, como los nutrientes de las rocas y el suelo, los metales pesados, el gas radón, el boro y el selenio, y la proximidad a la agricultura y otras industrias.
Los minerales radioactivos como el uranio pueden encontrarse naturalmente en el suelo. Este elemento radiactivo puede disolverse en agua de adormecimiento y puede dañarnos en mayor medida
Los nitratos y nitritos que se encuentran en los fertilizantes (provenientes de la escorrentía agrícola), los desechos animales, las fosas sépticas y los sistemas de tratamiento de aguas residuales son un problema común con las aguas subterráneas. Los niveles altos de nitratos pueden provocar el síndrome del bebé azul (metahemoglobulinemia).
Los niveles altos de sal pueden ser un problema con el agua subterránea que puede hacer que no se pueda beber.
El pesticida utilizado por los agricultores también se puede disolver fácilmente en aguas subterráneas y, por lo tanto, afecta la salud en gran medida.
Los microorganismos pueden ocurrir como resultado de filtraciones de tanques sépticos o estiércol del ganado y animales domésticos o de la contaminación del agua de lluvia. Los microorganismos son generalmente un problema mayor durante las condiciones de sequía como resultado de aguas poco profundas o pueden introducirse en el pozo por inundaciones. Y estos microorganismos son la causa de las enfermedades transmitidas por el agua.