Los fluoróforos orgánicos no proteicos son muy variados y son inmensamente potentes cuando se usan correctamente.
La principal ventaja sobre los fluoróforos basados en proteínas es su tamaño; ser pequeño significa que puede unirlos a un objetivo de proteína sin afectar seriamente la naturaleza de la proteína. Esto es extremadamente importante para un análisis preciso, y significa que puede realizar técnicas tales como la transferencia de energía de resonancia Förster y los ensayos basados en la extinción (fluorescencia).
Además, su pequeño tamaño y variada naturaleza química significa que se pueden adaptar para el trabajo correcto, por ejemplo, si necesitan cruzar una bicapa lipídica o no, o si son solubles en un solvente específico.
Una gran desventaja (en comparación con los fluoróforos proteicos) es la orientación. Si desea etiquetar una proteína específica en una célula, es muy complicado con un colorante no proteico. Con una proteína, p. Ej. Proteína verde fluorescente, esto simplemente puede agregarse como una extensión del gen y, por lo tanto, puede unirse automáticamente por la célula. Por lo tanto, para el marcado in vivo , los colorantes proteicos como GFP se usan mucho más comúnmente.
Otra desventaja es la vida útil relativamente corta de la fluorescencia: si desea una vida útil más prolongada, puede considerar un colorante no orgánico como puntos cuánticos.