¿Cómo se relaciona el modelado multiescala con los métodos Mecánica Cuántica (QM) y Mecánica Molecular (MM)?

Una pequeña introducción El modelado de fases condensadas presenta varios problemas, principalmente debido al hecho de que generalmente hay un gran número de átomos para modelar. Normalmente, estos problemas se tratan describiendo los átomos en un sistema computacional…
¿Por qué se doblan las proteínas?

Además de lo que dijo Thomas, si quieres reducirlo a una respuesta para llevar a casa, todo está en la secuencia. Todo lo que determina la eventual estructura 3-D de una proteína está en la secuencia de aminoácidos…
¿Cómo se degradan las proteínas?

Las proteínas se degradan a través del sistema ubiquitina-proteasoma. La ubiquitina (una pequeña proteína) puede apuntar a las proteínas para la degradación. Una vez que una proteína se marca con ubiquitina, es una señal para que la proteína…
¿Puede la proteómica cuantificar finalmente toda la variación estructural que ocurre en múltiples copias de la misma proteína?

Un inconveniente de la proteómica actual es la falta de interrogación de moléculas enteras. Mass Spec y otros métodos examinan fragmentos de todas las proteínas a la vez. Es un poco como tratar de descubrir cómo se juega…
¿Puede o podría el ARN auto replicarse?

El ARN debería, en teoría, ser capaz de auto replicarse sin la ayuda de proteínas, sin embargo, esto no se ve en la naturaleza. Hay moléculas de ARN que catalizan reacciones químicas, un papel que generalmente solo llevan…
¿Cuál es la razón para realizar la electroforesis en gel de proteínas manteniendo el gel en posición vertical mientras se realiza la electroforesis en gel de ADN manteniendo el gel en posición horizontal?

Excelente pregunta! Varias razones para: Geles de acrilamida proteicos verticales: Más fácil para lanzar geles de resolución y apilamiento (o capas múltiples) Evita la oxidación de la acrilamida, que interfiere con la polimerización Geles delgados: útiles para concentrar…
¿Cómo funciona la expresión génica inducida por IPTG a nivel molecular?

Configuración de una celda optimizada para la expresión de una proteína específica El operón lac es uno de los sistemas más utilizados para crear proteínas recombinantes en E. coli que luego puede purificarse y estudiarse en otros experimentos.…
¿Cuál es el efecto de la “aglomeración molecular” en el plegamiento de proteínas in vivo?

¿Qué es exactamente el hacinamiento molecular? La mayoría de los experimentos bioquímicos estudian el plegamiento en soluciones tampón. Sin embargo, el entorno intracelular está lleno de macromoléculas, por lo que existe una cierta cantidad de espacio intracelular que…
En biología molecular y genética, ¿la palabra “residuo” se usa indistintamente con “aminoácido” o hay alguna diferencia?

Piensa en esto, de esta manera:- Un aminoácido es una molécula con un grupo amino (NH2) y un grupo ácido (COOH). Esta es la solución de tirosina: Tenga en cuenta la presencia del grupo NH2 (rojo) y COOH…
¿Qué hace que una proteína pueda ser ‘cebo’ o ‘presa’ en la detección de dos híbridos de levadura?

En general, el cebo es la proteína que ya conoce. Entonces ya lo sabes, su secuencia y te gustaría saber si interactúa con otras proteínas. Por lo tanto, la presa puede considerarse cualquier proteína que idealmente interactuará con…