Quora User ofrece una buena visión general sobre la síntesis de péptidos en fase sólida. Este método se ha usado junto con la ligación química nativa (o en este caso, la ligadura química cinéticamente controlada) para producir proteínas más grandes a través de la síntesis química total.
Página en pnas.org
El documento relacionado anteriormente demuestra la producción de lisozima por síntesis química total. La lisozima es un protien de 130 aminoácidos. La proteína se dividió en 4 fragmentos peptídicos 1-29, 30-64, 65-94 y 95-13, cada uno de ellos con longitudes adecuadas para la síntesis en fase sólida. Los péptidos se sintetizan con grupos específicamente reactivos en los extremos C y N, respectivamente (un grupo tioéster y un grupo reactivo de cisteína). Estos grupos luego se ligan para formar un gran segmento polipeptídico. Los autores parecen muy entusiasmados con la calidad de la proteína que obtuvieron con este método.
Hay dos grandes inconvenientes (y uno más pequeño) en este método.
1. La lisozima tiene 8 residuos de cisteína de los 130 (Página en rcsb.org). Entonces estos podrían ser convenientemente elegidos como sitios para la ligadura química. No todas las proteínas tienen dichos residuos Cys convenientemente localizados.
2. La lisozima es muy “bien educada”. Los péptidos obtenidos a partir de la síntesis en fase sólida se desnaturalizan. Tras la ligadura todavía no tienen su estructura final doblada. En el documento, los autores desnaturalizan el polipéptido usando clorhidrato de gunanidium y retiran el protien diluyendo el desnaturalizante. Muchas proteínas no se retiran tan fácilmente de sus estados desnaturalizados.
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3. El inconveniente más pequeño es que se vuelve tedioso si uno tiene que trabajar con una proteína más grande. Los péptidos deben sintetizarse en pequeños bloques de 30-40 aminoácidos y ensamblarse. El rendimiento de cada una de las reacciones de ligación se vuelve crucial.
