¿Cómo podemos predecir computacionalmente cómo un SNP afectará la función de una proteína?

Permítanme comenzar agregando un breve resumen de biología para contextualizar mi respuesta. Un SNP en alguna secuencia de ADN codificante podría dar como resultado una mutación sinónima o sinónima de aminoácidos. Recuerde, un solo aminoácido podría estar codificado por más de un codón debido a la degeneración de los codones. Con la mutación sinónima, es posible que no llegue a ver tanto efecto en la secuencia de la proteína, con las mutaciones no sinónimas, sin embargo, algunos efectos pueden ser perjudiciales para la función de la proteína.

Entonces usted mide el efecto sobre el producto proteico fuera de la secuencia de ADN que tiene ese SNP. Una de las herramientas para hacer esto es PROVEAN.

Hola…

El polimorfismo de nucleótido único o SNP es uno de los principales factores responsables de la desviación en las funciones y la estructura de las proteínas (homólogos), que posteriormente afecta la expresión génica y la especiación. Es posible detectar los efectos de los SNP sobre el gen y su estructura / función proteica mediante la lectura y comparación de las secuencias genéticas. La presencia de SNP altera los marcos de lectura de los codones y proporciona variaciones de aminoácidos en una proteína.

Existen programas informáticos ofrecidos por NCBI, EMBL como Expasy, Swiss-Prot, programas de modelado de proteínas, etc., que se están utilizando para estudiar las secuencias genéticas, sus productos traducidos, los impactos de la variación causada por mutaciones o SNP en los códigos genéticos.

No, o al menos no en el 99.9% de los casos más o menos. Simplemente no sabemos lo suficiente sobre la estructura / función, los socios de interacción, los dominios de unión del sustrato, la alostery, la regulación, la estabilidad, etc. etc. para la mayoría de las proteínas.

No soy un bioquímico o un biólogo estructural, pero esta es una lección importante: en la mayoría de los casos, un SNP no tiene ningún efecto en la función. Entonces, la respuesta más correcta en la mayoría de los casos es ‘nada’.

Los SNP suelen ser predictivos debido a las asociaciones de desequilibrio de ligamiento, no a las mutaciones causales.

Dejaré la predicción in silico a otros.

Ver http://en.wikipedia.org/wiki/Neu