La desnaturalización de las proteínas resulta de la interacción preferencial, lo que significa que las moléculas desnaturalizantes tienen una interacción atractiva con la superficie de la proteína. Como resultado, habrá una ganancia de energía libre si se expone más superficie de proteína, ya que maximiza estas interacciones favorables. Es importante destacar que no existe un sitio de unión específico, y que los desnaturalizantes se sienten atraídos por toda el área superficial de la proteína.
La acción desnaturalizante de Guanidinium (y todos los demás desnaturalizantes) puede entenderse en este contexto: el resto de guanidina se ve atraído por la cadena principal del péptido y ciertas cadenas laterales. Además, la carga actúa para detectar interacciones electrostáticas favorables que pueden estabilizar el estado nativo de una proteína, a diferencia de desnaturalizantes sin carga como la urea.
[1] Smith JS, Scholtz JM. Despliegue de clorhidrato de guanidina de hélices peptídicas: separación de desnaturalizantes y efectos salinos. Biochemistry 1996; 35: 7292-7.
[2] Mason PE, Brady JW, Neilson GW, Dempsey CE. La interacción de los iones de guanidinio con un péptido modelo. Biophys J 2007; 93: L04-6.
