Hay muchos factores diferentes que determinan qué tan bien puede cristalizar una proteína purificada. Lo más importante es, obviamente, qué tan bien doblada está la proteína; un mayor grado de estructuras secundarias ordenadas son propicias para formar cristales, las regiones de bucle flojo o desordenado no lo son.
La estabilidad de la proteína en la solución necesita ser considerada también. Por lo general, las proteínas purificadas deben dejarse en placas de cristalización durante semanas o meses (o incluso años) a la vez, y es importante que no se degraden ni precipiten durante este tiempo.
Sin embargo, como mencionó el Usuario, el factor más importante para determinar si una proteína se cristalizará o no es el buffer en el que se encuentra. Y desafortunadamente, no hay forma de predecir lógicamente qué buffer será el buffer mágico. Tendrás que probar varios cientos de búferes antes de encontrar uno en el que tu proteína pueda cristalizar. La buena noticia es que en realidad no tiene que preparar estos almacenamientos intermedios individuales, están disponibles comercialmente como pantallas de cristalización como esta: Hampton Research – Crystal Screen.
Una vez que encuentres un buffer en el que tu proteína puede cristalizar, lo siguiente a considerar es la resolución del cristal. A menudo, estos cristales tendrán una resolución muy baja, es decir, menor orden dentro del cristal mismo. Quizás cada décima molécula está mirando hacia otro lado o haciendo una danza jiggly con una de las moléculas buffer. Para superar esto, las condiciones del buffer deben ser optimizadas en gran medida para que pueda obtener un cristal de una resolución de al menos 3 Å o superior. Los mejores cristales están a 2 Å, eso es cuánto necesitas distinguir entre los átomos C, N u O individuales.
