El glifosato es un análogo aminofosfónico del aminoácido natural glicina (NH2CH2COOH). El glifosato mata las plantas al interferir con la síntesis de los aminoácidos aromáticos fenilalanina, tirosina y triptófano . Inhibe la enzima, 5-enolpyruvylshikimate-3-phosphate synthase (EPSPS), que se encuentra solo en plantas y microorganismos. Sin la EPSP sintasa, las plantas se vuelven incapaces de producir otras proteínas esenciales que se requieren para el crecimiento, y debido a que todas las plantas que usan EPSPS producen aminoácidos aromáticos, el glifosato es efectivo contra casi cualquier planta. Esta es la razón por la cual Roundup es un herbicida tan efectivo.
El glifosato inhibe la EPSP sintasa debido a sus similitudes estructurales con el ion PON oxonio . Al imitar el ion PON oxonio, el glifosato ocupa el sitio de unión a PEP, que por lo tanto inhibe la enzima EPSP sintasa.
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