Si eliminaras 5 de los 20 aminoácidos, ¿qué eliminarías?

Básicamente, usted pregunta por la matriz de Dayhoff (o cualquiera de las otras varias familias de matrices de sustitución de aminoácidos utilizadas en los algoritmos de alineación, como la familia BLOSUM).

Dayhoff y sus seguidores examinaron las bases de datos en busca de sustituciones de aminoácidos y las clasificaron por frecuencia, ya que las más frecuentes son las más conservadas.

(No estoy de acuerdo con el enfoque de Christopher VanLang de mirar los “aminoácidos no esenciales”. La razón por la cual los aminoácidos “esenciales” son esenciales es porque no los sintetizamos, pero no tiene nada que ver con la necesidad de construirlos proteínas. Es solo que son fáciles de conseguir en la comida por lo que nuestros cuerpos no se molestaron).

Aquí hay un diagrama que muestra algunas matrices, incluida Dayhoff (fuente: Un modelo empírico general de la evolución de proteínas derivadas de múltiples familias de proteínas que utilizan un enfoque de máxima verosimilitud). Cuanto más grande es la burbuja, más común es el cambio.

Si escogemos las cinco burbujas más grandes, son D / N – eliminaríamos D porque necesitamos N para la glucosilación. También E / D, pero ya hemos eliminado D, por lo que no ayuda, pero E / Q significa que Q puede ir. I / V así que tiremos valine, que nunca me gustó de todos modos. F / Y están emparejados, tiremos F (necesitamos Y para señalización). Y R / K es un par, así que tiremos arginina y dejemos que rellene la lisina.

Así que hemos eliminado:
Ácido aspártico
Glutamina
Valine
Fenilalanina
Arginina

Hay muchas funciones importantes que estamos perdiendo aquí, pero para ser sincero, he terminado mi café de la mañana, así que he terminado aquí.