Hay muchos antibióticos que tienen diferentes mecanismos y afectan diferentes clases de bacterias. Las bacterias pueden ser resistentes a uno o múltiples regímenes de antibióticos, en los que se realiza un panel de resistencia y se elige un antibiótico al que sea susceptible. Sería extremadamente raro encontrar una bacteria que sea resistente a todos los antibióticos disponibles, aunque ese es un escenario cada vez más probable.
La resistencia puede ocurrir de forma natural o después del uso a largo plazo de antibióticos de amplio espectro que seleccionan bacterias resistentes. Las bacterias de resistencia a antibióticos más importantes incluyen MRSA (Staph aureus resistente a la metacillina), VRE (enterococo resistente a la vancomicina) y algunas cepas de C. dificile.
Este tipo de trabajo generalmente lo realizan médicos de enfermedades infecciosas.