La proteína MS2 reconoce un aptámero y puede ocluir el RBS, reprimiendo así la traducción. Las relaciones de activación / desactivación son 1: 100 o superiores en E. coli, casi tan buena como la relación de represión del sistema AraC-Pbad (datos no publicados del laboratorio Arkin).
La desventaja es que la inserción del aptámero requiere la adición de 2-4 aminoácidos N-terminales ya que el aptámero se forma a partir de los primeros pocos pares de bases del CDS y la secuencia RBS. Entonces, si desea usarlo en un sistema sintético, será mejor que pruebe que su proteína puede tolerar unos pocos aminoácidos N-terminales adicionales.
