¿Es cierto que la vida de las proteínas solo puede existir a ciertas limitaciones de tamaño físico?

Sí, un virus, por ejemplo, no puede ser mucho más pequeño porque debe contener su propio código genético, que está limitado por el tamaño de los átomos y las moléculas. Disminuir aún más el tamaño requiere una reducción en la complejidad, que es algo que los virus no tienen mucho.
Lo mismo es cierto para las células, sus componentes son nada menos que una tecnología nano muy avanzada, muchas de sus funciones dependen de las fuerzas intermoleculares. Tienes que o bien romper las leyes de la física o reducir la complejidad para que sean más pequeñas.
Dicho esto, los organismos multicelulares también tienen que reducir la complejidad cuando se vuelven más pequeños porque pueden albergar un número menor de células.

El tamaño también afecta seriamente la capacidad del organismo para moverse. Los organismos más pequeños tienen mejor poder para ponderar las raciones porque la resistencia de cualquier material o mecanismo de potencia se escala con el cuadrado de su tamaño, mientras que su peso se escala con el cubo de su tamaño. Es por eso que los insectos pequeños pueden hacer cosas como sostener su propio peso y caminar sobre techos, mientras que los dinosaurios grandes apenas pueden ponerse de pie.
Este sería un límite importante de cuán grande podría ser un animal, el hecho de que sea demasiado grande impedirá que pueda moverse. Y si eres tan grande como Godzilla, simplemente colapsarás, tal vez explotarás por todo el peso en tus entrañas.