Cuando usa la RMN, mide el efecto que tiene una proteína en un campo magnético y usa las mediciones (y muchos cálculos) para reconstruir la proteína original. 
Fuente: www.wenmr.eu
Cuando haces cristalografía de rayos X, tienes que forzar la proteína en una estructura cristalina al encontrar las condiciones adecuadas y luego medir cómo esa estructura cristalina dispersa los rayos X. 
Fuente: www.projectcrystal.org
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¿Cuán reproducibles son las estructuras cristalinas de rayos X de las proteínas?
¿Qué tan únicos deben ser los aminoácidos responsables del sitio de unión de una molécula?
¿Los anticuerpos purificados son fáciles de obtener estructuras cristalinas?
Simplemente su dinámica (RMN) V estática (cristalografía de rayos X), también mencionada anteriormente por Nguyet Nguyen. La determinación de la estructura con NMR yileds múltiples modelos, mientras que la cristalografía de rayos X da modelo único. Aparte de esto, estas dos técnicas difieren en principios, experimentos, preparación, análisis y aplicaciones.
La RMN mide la diferencia de energía que causa el cambio de espín en los núcleos dependiendo de su entorno en la molécula. Este método puede proporcionar información estructural más refinada, por ejemplo, para las distancias interprotón, ángulos diedros dentro de una proteína. También puede proporcionar datos más dinámicos sobre el plegamiento de proteínas, por ejemplo, rotaciones de cadena lateral, movimiento de bucle y unión de ligandos (utilizando 2D 1H-15N HSQC). La RMN tiene un límite superior para proteínas de alrededor de 35 kDa.
La cristalografía de rayos X usa el patrón de rayos X dispersados por densidad de electrones en la proteína. Este método proporciona una “instantánea” estática de una proteína y solo se puede usar para determinar las estructuras de las proteínas que pueden formar cristales bien difractantes. Uno necesita corregir el problema de fase antes de obtener la densidad de electrones para construir un modelo. Sin embargo, a veces las condiciones de cristalización pueden forzar a la proteína a estados no nativos.
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