¿Cuán computacionalmente costoso es predecir las interacciones de acoplamiento proteína-proteína, en relación con la predicción de la estructura de la proteína?

Proteínas plegables de los primeros principios:

• Meses y generalmente no tiene éxito excepto por las proteínas más pequeñas [1]

Predicción de la estructura de la proteína usando estructuras previas en el PDB:

• 8 horas (ITASSER)

Atraque de proteínas

• 10 minutos para acoplamiento rígido (ZDOCK) [2]

¿Por qué la gran diferencia? El número de grados de libertad disminuye sustancialmente a medida que avanzas por la lista. ITASSER usa una representación reducida de la estructura sin sidechains para resolver la estructura [3] La mayoría de los programas de acoplamiento restringen todos o la mayoría de los movimientos en la proteína. Las técnicas rápidas de transformación de Fourier también aceleran sustancialmente el proceso de acoplamiento. [4] [5]

Notas a pie de página

[1] Respuesta de Jeffrey Brender a ¿Cuál es la proteína más grande con éxito plegada por dinámica molecular?

[2] http: // 1. Acelerando la proteína D …

[3] Respuesta de http: // Jeffrey Brender …

[4] http: // 1. Acelerando la proteína D …

[5] http: // 1. https: //www.comp.nus.e…